《名侦探柯南 绯色的不在证明》讲述了一则命案发生的故事。真实身份谜团重重，每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，展开了名侦探柯南和他的助手毛利小五郎与之合作的一段事件。当案件发生后，一位神秘男子出现在现场，对他们说：“这是一件有着明确身份的人所作成的不在场证明。”他又说，“所有目击者都必须死去，否则我的计划就无法继续下去。”于是，一系列疑似命案发生。在一家人全然没有预料的情况下，他们被卷入了一连串不可解释的事情中。此后，他们不得不面对一个危险的命运——恐怖组织“X”的阴谋和赤井家的复杂历史背景，以及每个人都可能成为下一个命案的目标。